Molecules

Lig(l,l)

Lig l l

Lyn(U,SH2)

Lyn U SH2

Syk(tSH2,l~Y~pY,a~Y~pY,s)

Syk tSH2 l Y pY a Y pY s

Rec(a,b~Y~pY,g~Y~pY)

Rec a b Y pY g Y pY

LAT(s~Y~pY)

LAT s Y pY

Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sos(g,g)

Sos g g

Species

Lig(l,l)

Lig l l

Lyn(U,SH2)

Lyn U SH2

Syk(tSH2,l~Y,a~Y,s)

Syk tSH2 l Y a Y s

Rec(a,b~Y,g~Y)

Rec a b Y g Y

LAT(s~Y)

LAT s Y

Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sos(g,g)

Sos g g

Observables

Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Rec a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y s

Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s))

Lig l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y s

Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Rec a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a pY s

Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s))

Lig l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a pY s

Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Rec 3a b Y pY g Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y s

Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Rec 3a b Y pY g Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a pY s

Syk(tSH2!4,a~Y,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Syk 4tSH2 l Y pY a Y s Rec 3a b Y pY g 4pY Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y s

Syk(tSH2!4,a~pY,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Syk 4tSH2 l Y pY a pY s Rec 3a b Y pY g 4pY Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a pY s

Syk(tSH2!4,a~Y,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Syk 4tSH2 l Y pY a Y s Rec 3a b Y pY g 4pY Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a pY s

LAT(s~Y)

LAT s Y

LAT(s~Y!+)

LAT s Y

LAT(s~pY)

LAT s pY

Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sos(g,g)

Sos g g

Reaction Rules

************************************************************************************************** Basic FceRI model ***************************************************************************************************************************************************************

Rec(a) + Lig(l,l) <-> Rec(a!1).Lig(l!1,l)

Rec 1 ⬆⬇a b Y pY g Y pY Lig 1 ⬆⬇l l

Rec(a) + Lig(l,l!+) <-> Rec(a!1).Lig(l!1,l!+)

Rec 1 ⬆⬇a b Y pY g Y pY Lig 1 ⬆⬇l l

Rec(b~Y) + Lyn(U,SH2) <-> Rec(b~Y!1).Lyn(U!1,SH2)

Rec a b 1 ⬆⬇Y g Y pY Lyn 1 ⬆⬇U SH2

Rec(b~pY) + Lyn(U,SH2) <-> Rec(b~pY!1).Lyn(U,SH2!1)

Rec a b 1 ⬆⬇pY g Y pY Lyn U 1 ⬆⬇SH2

Rec(g~pY) + Syk(tSH2) <-> Rec(g~pY!1).Syk(tSH2!1)

Rec a b Y pY g 1 ⬆⬇pY Syk 1 ⬆⬇tSH2 l Y pY a Y pY s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,b~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,b~pY)

Lig 1l 2l Lyn 3U SH2 Rec 2a b 3Y g Y pY Rec 1a b Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ g Y pY

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~pY)

Lig 1l 2l Lyn 3U SH2 Rec 2a b 3Y g Y pY Rec 1a b Y pY g 4pY Syk 4tSH2 l Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ a Y pY s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,b~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,b~pY)

Lig 1l 2l Lyn U 3SH2 Rec 2a b 3pY g Y pY Rec 1a b Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ g Y pY

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~pY)

Lig 1l 2l Lyn U 3SH2 Rec 2a b 3pY g Y pY Rec 1a b Y pY g 4pY Syk 4tSH2 l Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ a Y pY s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY)

Lig 1l 2l Lyn 3U SH2 Rec 2a b 3Y g Y pY Rec 1a b Y pY g Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇

Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~Y).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~Y) -> Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~Y).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~pY)

Lig 1l 2l Syk 3tSH2 l Y pY a Y s Rec 2a b Y pY g 3pY Rec 1a b Y pY g 4pY Syk 4tSH2 l Y pY a Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY)

Lig 1l 2l Lyn U 3SH2 Rec 2a b 3pY g Y pY Rec 1a b Y pY g Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇

Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~pY).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~Y) -> Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~pY).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~pY)

Lig 1l 2l Syk 3tSH2 l Y pY a pY s Rec 2a b Y pY g 3pY Rec 1a b Y pY g 4pY Syk 4tSH2 l Y pY a Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇ s

Rec(b~pY) -> Rec(b~Y)

Rec a b Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ g Y pY

Rec(g~pY) -> Rec(g~Y)

Rec a b Y pY g Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆

Syk(tSH2!+,l~pY) -> Syk(tSH2!+,l~Y)

Syk tSH2 l Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ a Y pY s

Syk(tSH2!+,a~pY) -> Syk(tSH2!+,a~Y)

Syk tSH2 l Y pY a Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ s

Syk(tSH2,l~pY) -> Syk(tSH2,l~Y)

Syk tSH2 l Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ a Y pY s

Syk(tSH2,a~pY) -> Syk(tSH2,a~Y)

Syk tSH2 l Y pY a Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ s
************************************************************************************************** Phosphorylation of LAT by Syk ***************************************************************************************************************************************************

Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Rec a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y pY 5 ⬇s LAT s 5 ⬇Y

Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Lig l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y pY 5 ⬇s LAT s 5 ⬇Y

Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Rec 3a b Y pY g Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y pY 5 ⬇s LAT s 5 ⬇Y

Syk(tSH2!6,s).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Syk(tSH2!6,s).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!7).LAT(s~Y!7)

Syk 6tSH2 l Y pY a Y pY s Rec 3a b Y pY g 6pY Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y pY 7 ⬇s LAT s 7 ⬇Y

LAT(s~Y!9).Syk(tSH2!6,s!9).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> LAT(s~Y!9).Syk(tSH2!6,s!9).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!7).LAT(s~Y!7)

LAT s 9Y Syk 6tSH2 l Y pY a Y pY 9s Rec 3a b Y pY g 6pY Lig 3l 2l Rec 2a b Y pY g 1pY Syk 1tSH2 l Y pY a Y pY 7 ⬇s LAT s 7 ⬇Y

Syk(s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(s) + LAT(s~Y)

Syk tSH2 l Y pY a Y pY 5 ⬆s LAT s 5 ⬆Y

Syk(tSH2!+,a~Y,s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(tSH2!+,a~Y,s) + LAT(s~pY)

Syk tSH2 l Y pY a Y 5 ⬆s LAT s 5 ⬆Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇

Syk(tSH2!+,a~pY,s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(tSH2!+,a~pY,s) + LAT(s~pY)

Syk tSH2 l Y pY a pY 5 ⬆s LAT s 5 ⬆Y pY take all branches, once each, in any order⬇⬇
************************************************************************************************** LAT + GRB + SOS interactions ***************************************************************************************************************************************************

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g) <-> Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g)

Grb SH2 1 ⬆⬇SH3 Sos 1 ⬆⬇g g

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2,SH3!1) <-> Grb(SH2,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2,SH3!1)

Grb SH2 2 ⬆⬇SH3 Sos 2 ⬆⬇g 1g Grb SH2 1SH3

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1) <-> Grb(SH2,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1)

Grb SH2 2 ⬆⬇SH3 Sos 2 ⬆⬇g 1g Grb SH2 1SH3

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g) <-> Grb(SH2!+,SH3!1).Sos(g!1,g)

Grb SH2 1 ⬆⬇SH3 Sos 1 ⬆⬇g g

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2,SH3!1) <-> Grb(SH2!+,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2,SH3!1)

Grb SH2 2 ⬆⬇SH3 Sos 2 ⬆⬇g 1g Grb SH2 1SH3

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1) <-> Grb(SH2!+,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1)

Grb SH2 2 ⬆⬇SH3 Sos 2 ⬆⬇g 1g Grb SH2 1SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3) <-> LAT(s~pY!1).Grb(SH2!1,SH3)

LAT s 1 ⬆⬇pY Grb 1 ⬆⬇SH2 SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g) <-> LAT(s~pY!2).Grb(SH2!2,SH3!1).Sos(g!1,g)

LAT s 2 ⬆⬇pY Grb 2 ⬆⬇SH2 1SH3 Sos 1g g

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2,SH3!2) <-> LAT(s~pY!3).Grb(SH2!3,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2,SH3!2)

LAT s 3 ⬆⬇pY Grb 3 ⬆⬇SH2 1SH3 Sos 1g 2g Grb SH2 2SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2!3,SH3!2).LAT(s~pY!3) <-> LAT(s~pY!4).Grb(SH2!4,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2!3,SH3!2).LAT(s~pY!3)

LAT s 4 ⬆⬇pY Grb 4 ⬆⬇SH2 1SH3 Sos 1g 2g Grb 3SH2 2SH3 LAT s 3pY
****************************************************************************************************************************************************************************************