Molecules

Lig(l,l)

Lig l l

Lyn(U,SH2)

Lyn U SH2

Syk(tSH2,l~Y~pY,a~Y~pY,s)

Syk tSH2 l Y pY a Y pY s

Rec(a,b~Y~pY,g~Y~pY)

Rec a b Y pY g Y pY

LAT(s~Y~pY)

LAT s Y pY

Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sos(g,g)

Sos g g

Species

Lig(l,l)

Lig l l

Lyn(U,SH2)

Lyn U SH2

Syk(tSH2,l~Y,a~Y,s)

Syk tSH2 l Y a Y s

Rec(a,b~Y,g~Y)

Rec a b Y g Y

LAT(s~Y)

LAT s Y

Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sos(g,g)

Sos g g

Observables

RSu_and_LRSu Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y s

RSu_and_LRSu Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y s

RSp_and_LRSp Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a pY s

RSp_and_LRSp Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a pY s

R_L_R_Su Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Rec a b Y ?pY g Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y s

R_L_R_Sp Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Rec a b Y ?pY g Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a pY s

uS_R_L_R_Su Syk(tSH2!4,a~Y,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~Y,s)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y s Rec a b Y ?pY g pY Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y s

pS_R_L_R_Sp Syk(tSH2!4,a~pY,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Syk tSH2 l Y ?pY a pY s Rec a b Y ?pY g pY Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a pY s

uS_R_L_R_Sp Syk(tSH2!4,a~Y,s).Rec(a!3,g~pY!4).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,a~pY,s)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y s Rec a b Y ?pY g pY Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a pY s

FreeUnLAT LAT(s~Y)

LAT s Y

BoundUnLAT LAT(s~Y!+)

LAT s Y

FreePhosLAT LAT(s~pY)

LAT s pY

Grbfree Grb(SH2,SH3)

Grb SH2 SH3

Sosfree Sos(g,g)

Sos g g

Reaction Rules


********************************************************************************************
****** Basic FceRI model *******************************************************************
********************************************************************************************

Rec(a) + Lig(l,l) <-> Rec(a!1).Lig(l!1,l)

Rec ⬇⬆a b Y ?pY g Y ?pY ⬇⬆ Lig ⬇⬆l l

Rec(a) + Lig(l,l!+) <-> Rec(a!1).Lig(l!1,l!+)

Rec ⬇⬆a b Y ?pY g Y ?pY ⬇⬆ Lig ⬇⬆l l

Rec(b~Y) + Lyn(U,SH2) <-> Rec(b~Y!1).Lyn(U!1,SH2)

Rec ?a b ⬇⬆Y g Y ?pY ⬇⬆ Lyn ⬇⬆U SH2

Rec(b~pY) + Lyn(U,SH2) <-> Rec(b~pY!1).Lyn(U,SH2!1)

Rec ?a b ⬇⬆pY g Y ?pY ⬇⬆ Lyn U ⬇⬆SH2

Rec(g~pY) + Syk(tSH2) <-> Rec(g~pY!1).Syk(tSH2!1)

Rec ?a b Y ?pY g ⬇⬆pY ⬇⬆ Syk ⬇⬆tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ?s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,b~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,b~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b Y g Y ?pY Rec a b Y pY take all branches, once each, in any order⬇ g Y ?pY

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b Y g Y ?pY Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y pY take all branches, once each, in any order⬇ a Y ?pY ?s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,b~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,b~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b pY g Y ?pY Rec a b Y pY take all branches, once each, in any order⬇ g Y ?pY

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,l~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b pY g Y ?pY Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y pY take all branches, once each, in any order⬇ a Y ?pY ?s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U!3,SH2).Rec(a!2,b~Y!3).Rec(a!1,g~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b Y g Y ?pY Rec a b Y ?pY g Y pY take all branches, once each, in any order⬇

Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~Y).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~Y) -> Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~Y).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~pY)

Lig l l Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?s Rec a b Y ?pY g pY Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y pY take all branches, once each, in any order⬇ ?s

Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~Y) -> Lig(l!1,l!2).Lyn(U,SH2!3).Rec(a!2,b~pY!3).Rec(a!1,g~pY)

Lig l l Lyn U SH2 Rec a b pY g Y ?pY Rec a b Y ?pY g Y pY take all branches, once each, in any order⬇

Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~pY).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~Y) -> Lig(l!1,l!2).Syk(tSH2!3,a~pY).Rec(a!2,g~pY!3).Rec(a!1,g~pY!4).Syk(tSH2!4,a~pY)

Lig l l Syk tSH2 l Y ?pY a pY ?s Rec a b Y ?pY g pY Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y pY take all branches, once each, in any order⬇ ?s

Rec(b~pY) -> Rec(b~Y)

Rec ?a b Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆ g Y ?pY

Rec(g~pY) -> Rec(g~Y)

Rec ?a b Y ?pY g Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆

Syk(tSH2!+,l~pY) -> Syk(tSH2!+,l~Y)

Syk tSH2 l Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆ a Y ?pY ?s

Syk(tSH2!+,a~pY) -> Syk(tSH2!+,a~Y)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆ ?s

Syk(tSH2,l~pY) -> Syk(tSH2,l~Y)

Syk tSH2 l Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆ a Y ?pY ?s

Syk(tSH2,a~pY) -> Syk(tSH2,a~Y)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y pY take one or more branches, once each, in any order⬆ ?s

********************************************************************************************
****** Phosphorylation of LAT by Syk *******************************************************
********************************************************************************************

Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Rec(a,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬇s ⬇ LAT s ⬇Y

Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Lig(l,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬇s ⬇ LAT s ⬇Y

Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Rec(a!3,g).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!5).LAT(s~Y!5)

Rec a b Y ?pY g Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬇s ⬇ LAT s ⬇Y

Syk(tSH2!6,s).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> Syk(tSH2!6,s).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!7).LAT(s~Y!7)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY s Rec a b Y ?pY g pY Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬇s ⬇ LAT s ⬇Y

LAT(s~Y!9).Syk(tSH2!6,s!9).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s) + LAT(s~Y) -> LAT(s~Y!9).Syk(tSH2!6,s!9).Rec(a!3,g~pY!6).Lig(l!3,l!2).Rec(a!2,g~pY!1).Syk(tSH2!1,s!7).LAT(s~Y!7)

LAT s Y Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY s Rec a b Y ?pY g pY Lig l l Rec a b Y ?pY g pY Syk tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬇s ⬇ LAT s ⬇Y

Syk(s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(s) + LAT(s~Y)

Syk ?tSH2 l Y ?pY a Y ?pY ⬆s ⬆ LAT s ⬆Y

Syk(tSH2!+,a~Y,s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(tSH2!+,a~Y,s) + LAT(s~pY)

Syk tSH2 l Y ?pY a Y ⬆s ⬆ LAT s ⬆Y pY take all branches, once each, in any order⬇

Syk(tSH2!+,a~pY,s!5).LAT(s~Y!5) -> Syk(tSH2!+,a~pY,s) + LAT(s~pY)

Syk tSH2 l Y ?pY a pY ⬆s ⬆ LAT s ⬆Y pY take all branches, once each, in any order⬇

********************************************************************************************
****** LAT + GRB + SOS interactions *******************************************************
********************************************************************************************

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g) <-> Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2,SH3!1) <-> Grb(SH2,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2,SH3!1)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g Grb SH2 SH3

Grb(SH2,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1) <-> Grb(SH2,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g Grb SH2 SH3

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g) <-> Grb(SH2!+,SH3!1).Sos(g!1,g)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2,SH3!1) <-> Grb(SH2!+,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2,SH3!1)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g Grb SH2 SH3

Grb(SH2!+,SH3) + Sos(g,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1) <-> Grb(SH2!+,SH3!2).Sos(g!2,g!1).Grb(SH2!+,SH3!1)

Grb SH2 ⬇⬆SH3 ⬇⬆ Sos ⬇⬆g g Grb SH2 SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3) <-> LAT(s~pY!1).Grb(SH2!1,SH3)

LAT s ⬇⬆pY ⬇⬆ Grb ⬇⬆SH2 SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g) <-> LAT(s~pY!2).Grb(SH2!2,SH3!1).Sos(g!1,g)

LAT s ⬇⬆pY ⬇⬆ Grb ⬇⬆SH2 SH3 Sos g g

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2,SH3!2) <-> LAT(s~pY!3).Grb(SH2!3,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2,SH3!2)

LAT s ⬇⬆pY ⬇⬆ Grb ⬇⬆SH2 SH3 Sos g g Grb SH2 SH3

LAT(s~pY) + Grb(SH2,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2!3,SH3!2).LAT(s~pY!3) <-> LAT(s~pY!4).Grb(SH2!4,SH3!1).Sos(g!1,g!2).Grb(SH2!3,SH3!2).LAT(s~pY!3)

LAT s ⬇⬆pY ⬇⬆ Grb ⬇⬆SH2 SH3 Sos g g Grb SH2 SH3 LAT s pY

********************************************************************************************
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