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Molecules

DNADSB(br)

p53(dna)

mRNA_Bax()

Bax(b)

BclXL(b)

Bad(S75_S99~0~PP,b)

Fourteen_3_3(b)

Caspase(csp~Pro~Act)

PARP(DNA,CD~inact~act,NAD)

NAD(sub)

XRCC1(Glu~uPAR~PAR)

PARG(CD)

Inh(isub)

Species

DNADSB(br)

p53(dna)

BclXL(b)

Bad(S75_S99~0,b)

Fourteen_3_3(b)

PARP(DNA,CD~inact,NAD)

XRCC1(Glu~uPAR)

PARG(CD)

Inh(isub)

Observables

mRNA_Bax mRNA_Bax()

Bax_free Bax(b)

Caspase_act Caspase(csp~Act)

p53_DNAbound p53(dna!+)

PARP_Inhbound PARP(DNA,CD~act,NAD!4).Inh(isub!4)

Reaction Rules

p53(dna) + DNADSB(br) <-> p53(dna!1).DNADSB(br!1)

PARP(DNA,CD~inact,NAD) + DNADSB(br) <-> PARP(DNA!2,CD~act,NAD).DNADSB(br!2)

PARP(DNA!2,CD~act,NAD).DNADSB(br!2) + NAD(sub) <-> PARP(DNA!2,CD~act,NAD!3).DNADSB(br!2).NAD(sub!3)

PARP(DNA!2,CD~act,NAD!3).DNADSB(br!2).NAD(sub!3) + XRCC1(Glu~uPAR) -> PARP(DNA!2,CD~act,NAD).DNADSB(br!2) + NAD(sub) + XRCC1(Glu~PAR)

PARG(CD) + XRCC1(Glu~PAR) -> PARG(CD) + XRCC1(Glu~uPAR)

Inh(isub) + PARP(DNA!2,CD~act,NAD).DNADSB(br!2) <-> Inh(isub!4).PARP(DNA,CD~act,NAD!4) + DNADSB(br)

0 <-> mRNA_Bax()

0 -> mRNA_Bax()

0 <-> Bax(b)

Bax(b) + BclXL(b) <-> Bax(b!1).BclXL(b!1)

Bax(b!1).BclXL(b!1) -> BclXL(b)

BclXL(b) + Bad(S75_S99~0,b) <-> BclXL(b!2).Bad(S75_S99~0,b!2)

Bad(S75_S99~0,b) <-> Bad(S75_S99~PP,b)

Bad(S75_S99~PP,b) + Fourteen_3_3(b) <-> Bad(S75_S99~PP,b!3).Fourteen_3_3(b!3)

BclXL(b!2).Bad(S75_S99~0,b!2) -> BclXL(b) + Bad(S75_S99~PP,b)

Bad(S75_S99~PP,b!3).Fourteen_3_3(b!3) -> Bad(S75_S99~0,b) + Fourteen_3_3(b)

0 -> Caspase(csp~Pro)

Caspase() -> 0

Caspase(csp~Pro) -> Caspase(csp~Act)