Molecules

MAP3K(s,S~I~A)

MAP3K s S I A

MAP2K(s,R1~Y~Yp,R2~Y~Yp)

MAP2K s R1 Y Yp R2 Y Yp

MAPK(s,R1~Y~Yp,R2~Y~Yp)

MAPK s R1 Y Yp R2 Y Yp

Scaff(map3k,map2k,mapk)

Scaff map3k map2k mapk

Species

MAP3K(s,S~I)

MAP3K s S I

MAP2K(s,R1~Y,R2~Y)

MAP2K s R1 Y R2 Y

MAPK(s,R1~Y,R2~Y)

MAPK s R1 Y R2 Y

Scaff(map3k,map2k,mapk)

Scaff map3k map2k mapk

Observables

MAPK(s!1,R1~Yp).Scaff(mapk!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp)

MAPK 1s R1 Yp R2 Y Yp Scaff map3k 2map2k 1mapk MAP2K 2s R1 Yp R2 Yp

MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp)

MAP3K 1s S A Scaff 1map3k 2map2k mapk MAP2K 2s R1 Yp R2 Yp

Reaction Rules

MAP3K(s,S~I) -> MAP3K(s,S~A)

MAP3K s S I A take all branches, once each, in any order⬇⬇

MAP3K(s,S~A) + Scaff(map3k) <-> MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1)

MAP3K 1 ⬆⬇s S A Scaff 1 ⬆⬇map3k map2k mapk

MAP3K(s!1,S~I).Scaff(map3k!1) -> MAP3K(s,S~I) + Scaff(map3k)

MAP3K 1 ⬆s S I Scaff 1 ⬆map3k map2k mapk

MAP2K(s,R1~Y,R2~Y) + Scaff(map2k) <-> MAP2K(s!1,R1~Y,R2~Y).Scaff(map2k!1)

MAP2K 1 ⬆⬇s R1 Y R2 Y Scaff map3k 1 ⬆⬇map2k mapk

MAP2K(s,R1~Yp,R2~Y) + Scaff(map2k) <-> MAP2K(s!1,R1~Yp,R2~Y).Scaff(map2k!1)

MAP2K 1 ⬆⬇s R1 Yp R2 Y Scaff map3k 1 ⬆⬇map2k mapk

MAP2K(s,R1~Y,R2~Yp) + Scaff(map2k) <-> MAP2K(s!1,R1~Y,R2~Yp).Scaff(map2k!1)

MAP2K 1 ⬆⬇s R1 Y R2 Yp Scaff map3k 1 ⬆⬇map2k mapk

MAP2K(s,R1~Yp,R2~Yp) + Scaff(map2k) <-> MAP2K(s!1,R1~Yp,R2~Yp).Scaff(map2k!1)

MAP2K 1 ⬆⬇s R1 Yp R2 Yp Scaff map3k 1 ⬆⬇map2k mapk

MAPK(s,R1~Y,R2~Y) + Scaff(mapk) <-> MAPK(s!1,R1~Y,R2~Y).Scaff(mapk!1)

MAPK 1 ⬆⬇s R1 Y R2 Y Scaff map3k map2k 1 ⬆⬇mapk

MAPK(s,R1~Yp,R2~Y) + Scaff(mapk) <-> MAPK(s!1,R1~Yp,R2~Y).Scaff(mapk!1)

MAPK 1 ⬆⬇s R1 Yp R2 Y Scaff map3k map2k 1 ⬆⬇mapk

MAPK(s,R1~Y,R2~Yp) + Scaff(mapk) <-> MAPK(s!1,R1~Y,R2~Yp).Scaff(mapk!1)

MAPK 1 ⬆⬇s R1 Y R2 Yp Scaff map3k map2k 1 ⬆⬇mapk

MAPK(s!1,R1~Yp,R2~Yp).Scaff(mapk!1) -> MAPK(s,R1~Yp,R2~Yp) + Scaff(mapk)

MAPK 1 ⬆s R1 Yp R2 Yp Scaff map3k map2k 1 ⬆mapk

MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Y) -> MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp)

MAP3K 1s S A Scaff 1map3k 2map2k mapk MAP2K 2s R1 Y Yp take all branches, once each, in any order⬇⬇ R2 Y Yp

MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R2~Y) -> MAP3K(s!1,S~A).Scaff(map3k!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R2~Yp)

MAP3K 1s S A Scaff 1map3k 2map2k mapk MAP2K 2s R1 Y Yp R2 Y Yp take all branches, once each, in any order⬇⬇

MAPK(s!1,R1~Y).Scaff(mapk!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp) -> MAPK(s!1,R1~Yp).Scaff(mapk!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp)

MAPK 1s R1 Y Yp take all branches, once each, in any order⬇⬇ R2 Y Yp Scaff map3k 2map2k 1mapk MAP2K 2s R1 Yp R2 Yp

MAPK(s!1,R2~Y).Scaff(mapk!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp) -> MAPK(s!1,R2~Yp).Scaff(mapk!1,map2k!2).MAP2K(s!2,R1~Yp,R2~Yp)

MAPK 1s R1 Y Yp R2 Y Yp take all branches, once each, in any order⬇⬇ Scaff map3k 2map2k 1mapk MAP2K 2s R1 Yp R2 Yp

MAP3K(S~A) -> MAP3K(S~I)

MAP3K s S I A take one or more branches, once each, in any order⬆⬆

MAP2K(R1~Yp) -> MAP2K(R1~Y)

MAP2K s R1 Y Yp take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ R2 Y Yp

MAP2K(R2~Yp) -> MAP2K(R2~Y)

MAP2K s R1 Y Yp R2 Y Yp take one or more branches, once each, in any order⬆⬆

MAPK(R1~Yp) -> MAPK(R1~Y)

MAPK s R1 Y Yp take one or more branches, once each, in any order⬆⬆ R2 Y Yp

MAPK(R2~Yp) -> MAPK(R2~Y)

MAPK s R1 Y Yp R2 Y Yp take one or more branches, once each, in any order⬆⬆